在 5 万波音人疯狂地赶工 16 个月之后，第一架波音 747 在 1968 年 9 月 30 日成功地下线了（roll out），但是 JT-9D 发动机还没有试飞，波音不敢将波音 747 首飞，一直到 1969 年 2 月才进行了第一次首飞。在波音首席试飞员 Jack Waddel 的操纵下，日后被人们称作珍宝机（jumbo jet，英文意思是巨无霸飞机，而不是中文中“珍宝”所表征的精巧的意思）的波音 747 凌空跃起，满载着波音和航空公司的希望，飞入西雅图的蓝天。
1968 年 9 月 30 日，第一架波音 747 正式下线
在波音首席试飞员 Jack Waddell 的操纵下，于 1969 年 2 月 9 日首飞
试飞表明，波音 747 的操控性能优良。试飞本身进行顺利，但问题接踵而来，最大的问题还是发动机。在 10 个月的试飞中，发动机故障 87 次，更换发动机 55 台。这显然是不可接受的。发动机的问题使 20 架已经完成的波音 747 没有发动机可安装，但波音依然把一架波音 747 送到 1969 年的第 28 届巴黎航展展出，引起了轰动。在普拉特惠特尼作了大量昂贵的修改后，波音 747 终于在 69 年 12 月通过 FAA 验证。
发动机问题初步解决了，其它问题并没有远去。波音为波音 747 计划灌进了 7 亿 5 千万的巨资，公司已经倾家荡产了。但波音 747 的航程比预计的短了 7%，加上其它种种初期设计和质量问题，泛美威胁要在每架波音 747 上扣押 5 百万美元的付款，直到所有问题全部解决。经过艰苦的谈判，泛美最后同意将扣押金减到 2 百万。更糟的是，70 年代初，波音遇上了财政上的严重困难，波音 747 研制的结尾全靠向银行借债才能付账，一旦银行停止借贷，波音就要立刻破产。NASA 的阿波罗登月计划开始收尾，波音的一大财源断流了。波音的“主力”客机计划 SST 因为野心过大和环保上的限制，其拨款被国会中止，也只有下马。
但是波音挺了过去，1970 年 1 月 15 日，第一架波音 747 交付泛美，被命名为“美国青年快船”（Clipper Young America）号，以继承泛美用 19 世纪风帆时代驰骋于太平洋上的快船命名飞机的传统，时任总统尼克松的夫人帕特尼克松亲自出席命名仪式。仪式没有用传统的香槟酒，而是用红白蓝三色的水洒向崭新的飞机，红白蓝是美国国旗的颜色。不过第一艘波音 747 快船的命运比较坎坷，不到一年就成为历史上第一架被劫机的波音 747，在 1970 年 8 月 2 日被劫到古巴去了。泛美为了改改运气，事后重新将这架飞机命名为“维克托快船”（Clipper Victor）号。但重新命名没有改变命运，1977 年 3 月 27 日，这架飞机在加勒比海中加那利群岛坦纳里夫（Tenerife）的洛斯罗迪奥斯机场和荷兰航空公司的一架波音 747 在地面滑跑中相撞，两架飞机上共 583 人丧生，成为历史上最大的空难事故。可巧，出事时，机长的名字也叫维克托，但这是以后的事了。
尼克松夫人帕特·尼克松参加了第一架泛美波音 747 的交付仪式，她的“大菜花”发型对于 70 年代的中国人是一个熟悉的形象
但这第一架波音 747 的命运不大好，日后成为历史上最大空难的牺牲品，这是 Tenerife 空难的合成图片，显示当时的情景
生存者绝望地看着剧烈燃烧的残骸 荷航的波音 747 只剩下这么个骨头架子了
波音 747 计划严重超支，初期的问题又使航空公司的大宗订单姗姗来迟。70 年代初，美国经济被越南战争严重拖累，陷入一场经济衰退。73 年的石油危机更是对民航业和所有经济领域是一个重大打击。波音 747 的经济性只有在满载的情况下才能体现出来，上座率 70% 时，耗油率只下降 5%，加上高昂的初始购置成本，经济性的优点就荡然无存了。很多航空公司转向较小也较省油的麦道 DC-10 和洛克希德 L-1011，甚至更小的飞机，美航（American Airlines）拆除部分座位，放上大钢琴，但还是吸引不了足够的旅客，只好在 1983 年跟泛美用波音 747 换小飞机。达美（Delta Airlines）也把波音 747 停飞了好几年。波音曾经连续 18 个月没有卖出去一架飞机，眼看就要撑不下去了。仅在 71 年初到 72 年下半年之间，波音就一气裁员60%以上。西雅图地区风声鹤唳，人人自危，更有好事者在通往西雅图的高速公路上竖起标志：“最后一个离开西雅图的人，请把电灯关掉”。
石油危机泰山压顶之际，小一点也省油一点的三发麦道 DC-10 就比更大的波音 747 吸引航空公司
洛克希德 L-1011 也来凑热闹，增加了波音 747 的压力
这就使那个著名的标牌：“最后一个离开西雅图的人，请把电灯关掉”
但波音最终挺过了最艰难的时光，第一代波音 747 成为波音 747-100，最终以巨大的载客量、超长的航程和较高的巡航速度（比 707 更快），很快成为民航界的“身份”的象征，成为各国航空公司中无可争议的旗舰，用于高流量或需要“为国争光”的航线。小一点的航空公司即使旅客流量不足以支撑波音 747 的使用，也采用客货混和型波音 747（波音 747 Combi），既赢得了面子，又可用来载运一些货物，贴补一点运营费用，一举两得。各国机场虽然需要大量改造，以适应波音 747 的停机、加油、备件、上下客甚至行李处理的需要，但能够接受波音 747 也成为机场和所在城市身份的象征，波音 747 带来的“更舒适、更便宜、更快捷”也吸引了更多的旅客，增加机场的收入和所在城市的显赫。
在波音 747-100 还没有首飞时，波音已经在 1968 年推出 -200，加大了发动机的推力，增加了载客量。波音还在 -100 的基础上发展了波音 747SR，用于短程高密度航线，还有缩短机身的波音 747SP，用于超远航程航线。
1980 年，波音进一步推出波音 747-300，并于 1983 年投产。和 -200 相比，-300 的上层加长了，增加了座位数，可以按头等舱的 2+2 或者经济舱的 3+3 座位布置，上下层之间的楼梯也加宽拉直，便于旅客上下，也为了符合紧急疏散的要求。另一方面，为了和麦道 DC-10 和洛克希德 L-1011 竞争，波音试图研制三发的波音 747-300，尾发将和 L-1011 相似，采用 S 进气道。但初步工程分析发现，垂尾的重新设计工作量太大，少了两个发动机卸载的机翼也要重新设计，事倍功半，最后放弃了。